¿Cuando inventaron el reloj... ¿cómo sabían que hora era para poder graduarlo?

Depende a qué clase de reloj te refieras.

El primer reloj es el propio sol, lo único que hicieron los hombres fue dividir el día en 24 espacios de tiempos que llamaron horas. Así que cuando se inventó el reloj mecánico (al que parece ser que es al que tú quieres referirte), las horas ya estaban inventadas muchos siglos antes, aunque pudieran tener cierta variación al concepto que ahora tenemos de ellas.

Poner en hora estos relojes mecánicos es lo más fácil del mundo. Como ya ha comentado el compañero Roberto, basta esperar a que el sol esté en lo más alto del cielo y en ese momento son las 12:00 horas del mediodía.

Cuando el Sol está en el punto más alto del cielo son las 12:00. Así que simplemente esperaron a que el Sol estuviera en lo más alto.