¿El colorante cristal violeta puede reemplazar al colorante azul de metileno, o qué otro colorante se puede?

Especifica el uso de los colorantes, y se podrá contestar bien tu pregunta. El azul de metileno posee propiedades que lo hacen útil como indicador redox, difícilmente en ese uso pueda sustituirse con el cristal violeta. Se lo usa, por ejemplo, para verificar el buen estado de la leche, cuyo potencial redox debe estar dentro de un rango definido.

A su vez el cristal violeta reacciona con yodo, fijándose en células durante las tinciones de Gram, por lo cual a su vez el azul de metileno no puede remplazarlo.

Si tus usos son "biológicos" o como "indicador redox", ninguno se puede usar en lugar del otro. Pero hay que ver qué uso particular es el que motiva tu "sustitución" de uno por otro. Sin ese dato, esta respuesta sirve de poco.

Suerte!!